Winton qua đời một cách thanh thản trong giấc ngủ vào buổi sáng ngày 1 tháng 7 năm 2015 tại Bệnh viện Wexham Park ở Slough do chứng suy tim và suy hô hấp, được chẩn đoán một tuần trước đó sau những suy yếu về sức khoẻ trước đó của ông. Ông hưởng thọ 106 tuổi.[47][48][49][50]

Winton mất đúng vào ngày sau ngày mà 76 năm trước, 241 trong số những đứa trẻ mà ông giải cứu rời Prague trên một chuyến tàu.[47] Một bản tin đặc biệt của BBC News về một số trẻ em mà Winton cứu thoát trong chiến tranh đã được công bố vào đầu ngày hôm đó.[32]